La prison de Tongres, la première prison cellulaire de Belgique, a été mise en service le 1er janvier 1844 pour accueillir des détenus masculins Au milieu du vingtième siècle, des femmes y ont également été incarcérées. Petit à petit, l'idée de la cellule individuelle a été abandonnée ; la prison hébergeait, en tant que maison d’arrêt, parfois plus de trois détenus par cellule.
Lorsque la prison a été fermée le 2 avril 2005, les 70 détenus qu’elle comptait ont été transférés dans la nouvelle prison d’Hasselt. La même année, l’établissement a servi de décor pour le film De hel van Tanger (L’enfer à Tanger). Ensuite, dès 2006, c’est le musée gallo-romain qui l’a occupé.
Pendant deux ans, plus de 200 000 visiteurs ont eu l'occasion de jeter un œil ‘de l’autre côté du mur' avant que le musée ne ferme ses portes en novembre 2008. Afin d’offrir une solution pour augmenter la capacité d’accueil des mineurs délinquants dans le cadre de la loi relative à la protection de la jeunesse, le ministre de la Justice de l’époque, Jo Vandeurzen, avait en effet décidé de remettre le bâtiment en service en tant qu’établissement fédéral.
En outre, un centre fédéral séparé était nécessaire pour héberger les jeunes dessaisis dans le cadre de l'article 606 du Code d'instruction criminelle. Après des travaux de rénovation, le centre fédéral fermé de Tongres a été créé par arrêté royal le 12 novembre 2009 et est devenu opérationnel le 20 novembre de la même année. Depuis le 1er janvier 2015, ce sont les Communautés, et non plus la DG EPI, qui sont compétentes pour la gestion des mineurs dessaisis.
Depuis l'automne 2020, seuls séjournent à la prison de Tongres des détenus majeurs qui n'ont pas le droit de séjourner en Belgique et qui relèvent de la compétence de l'administration pénitentiaire du SPF Justice.